ym104432846
Вставьте ссылку на видео из Youtube, Rutube, VK видео
Задайте вопрос по видео
Что вас интересует?
00:01:44
Установка и запуск программы 3d Slicer:
  • 1. Предложены две версии программы для скачивания: предварительная (оранжевая рамка) и стабильная (синяя рамка)
  • 2. Предварительную версию рекомендуется использовать только для знакомства с новыми функциями и улучшениями, поскольку возможны ошибки при работе
  • 3. Стабильная версия предназначена для основной работы с программой пользователями
00:03:37
Работа с документацией и учебными материалами:
  • 1. На сайте представлены материалы на английском, португальском и испанском языках, однако отсутствует русскоязычная версия раздела
  • 2. Пользователи могут скачивать учебные пособия в формате PDF либо переходить на дополнительные сайты
  • 3. На странице сайта доступен автоматический перевод интерфейса на русский язык
00:06:25
Основные функции и возможности программы:
  • 1. Участники обсудили процесс установки и запуска программы 3D-слайсер, включая рекомендации по установке ярлыка на рабочий стол
  • 2. Рассмотрели инструкцию по скачиванию и обработке медицинских изображений (томограмм), уточнив требования к матрице и способ открытия архивированных файлов
  • 3. Разъяснили пошаговый алгоритм работы с программой для получения трёхмерного объекта, начиная от выбора сегментов и заканчивая редактированием и очисткой нежелательных элементов
00:38:15
Форматы файлов и экспорт объектов:
  • Участники обсудили возможность экспорта изображений в формате Эстель и другие форматы (например, Objet)
  • Предложено создать отчет в виде вордовского документа с указанием ФИО и группы студента, который можно отправить преподавателю на занятии или на флешке
  • Рассмотрели возможности бесплатного программного обеспечения для работы с медицинскими изображениями и файлами формата DICOM
00:56:42
Использование дополнительных модулей и инструментов:
  • Разработаны дополнительные модули программного обеспечения, расширяющие функциональные возможности системы
  • Модули устанавливаются через экстеншен-менеджер и загружаются после перезапуска программы
  • Некоторые модули написаны на Python и используют CMake для объединения файлов Python в единый модуль
0: Добрый день, уважаемые студенты. Мы с вами сегодня посмотрим чуть раньше, чем вот планировали по нашей программе такую программу, как
1: 3 д. Слайсер.
2: Вот давайте посмотрим, что эта программа нам даёт, чем она интересна в использовании и где потом мы ей, соответственно, можем пользоваться.
3: Давайте переведём нашу страницу, сделаем автоматический перевод.
4: Посмотрим на адрес нашего сайта с программой, где мы её можем скачать и где мы можем с вами почерпнуть дополнительную информацию про неё.
5: Официальным сайтом является это 3 дабл ю точка слайсер точка орг.
6: Это у нас с вами полностью бесплатная с открытым исходным кодом программа.
7: Предназначена для визуализации, обработки, сегментации и анализа медицинских, медико биологических и других 3 д изображений сеток.
8: Скачать? Ну давайте нажмём.
9: На фразу скачать или это у нас с вами будет слово по-английски данлоад. Здесь вы видите, что эту программу вы сможете скачать под наши 3
10: Самые распространённые операционные системы windows, macos и linux здесь мы с вами видим, что есть 2 варианта, есть предварительный выпуск этого.
11: Версии в оранжевой рамочке и стабильные выпуски. То есть это в синей рамочке. Если вам очень хочется, например, познакомиться с теми инструм.
12: Ментами, какими-то дополнительными улучшениями, которые планируются в ближайший год.
13: Ввести в основную программу, то вы, конечно, можете скачать предварительный выпуск, то есть это оранжевый вариант, но здесь мы понимаем, что при
14: При установке некоторого предварительного варианта мы можем столкнуться с возникающими ошибками в процессе работы самой программы или какого-то модуля из этой программы. Поэтому, если вы именно
15: Просто как пользователь, нацеленный на работу с этой программой, то вы, конечно, скачиваете стабильный выпуск.
16: Давайте мы с вами вернёмся на основной сайт, что мы здесь можем увидеть. Мы можем увидеть также то, что есть раздел обуче.
17: То есть по-английски это у нас там будет написано слово training здесь вы можете увидеть руководство.
18: На английском, на португальском и испанском. Вот, увы, на русском его нету. Ну ничего страшного. Тут основные элементы понятны, что здесь происходит.
19: То здесь вы можете скачать некоторые учебные пособия они могут быть как в виде pdf, так и могут осуществляться в виде вот перехода на сайт дополни.
20: Сайт с необходимой информацией.
21: И вот здесь вы можете подчеркнуть то, что хотите узнать об этой программе, о том или Ином инструменте в этой программе. Поэтому именно
22: В этом разделе обучение или training пожалуйста, ищите то, что вам нужно будет для сегментации.
23: Далее у нас с вами есть ещё раздел документы, раздел документы тоже характеризуется тем, что и здесь вы можете что-то найти для работы про
24: Ну вот мы нажимаем на документация и переходим на другую картинку, поэтому давайте я перейду.
25: На другую картинку сейчас.
26: То есть, если вот мы нажимаем на документация, мы переходим на новый сайт.
27: Где вот мы видим вот следующее. Естественно, можно сделать сразу автоматический перевод на русский язык.
28: И здесь можно посмотреть загрузка и сохранение данных.
29: Как вот она осуществляется внутри нашей программы.
30: Сегментация изображений. Для нас это самое главное, чтобы мы выполнили то задание, которое мы получили, чтобы могли как-то вот что-то подобное выполнить.
31: Правда, в очень в очень усечённом, лёгком варианте по сравнению с тем,
32: То, что даже указано вот здесь.
33: Далее давайте посмотрим.
34: Посмотрим, что же мы можем увидеть в низу, внизу мы видим много для себя полезной информации.
35: Говорим о том, что мы здесь видим, что наша программа совместима полностью с таким вариантом, как дайком или
36: Come. Иногда говорят, то есть любые данные, полученные с томографов, здесь вы сможете загрузить и обработать далее, что мы с вами видим?
37: О том, что можно даже эту программу запустить в веб браузере. Мы это с вами сегодня попробуем, то есть даже необязательно её устанавливать.
38: На ваш компьютер. Далее что ещё есть искусственный элемент, искусственный интеллект, который позволяет осуществлять сегментацию, то есть сегмента
39: Здесь мы с вами на изображении разделяем необходимые области, например, где мягкие ткани, где Кости, где сухожилия, где уже мышечные волокна и так далее.
40: Что ещё мы с вами видим? Мы с вами видим, что есть так называемые расширения это некоторые дополнения, чаще всего написанные на языке python, которые расширяют возможности ва.
41: Вот этой программы 3 д слайсер. Ну, например, там есть некоторые инструменты для стоматологов по выделению зубов из челюсти, то есть более быстро можно
42: Отдельно достать трёхмерную геометрию зуба. Также, например, есть что-то подобное и для сосудов.
43: И для Костей.
44: Далее здесь важно понимать о том, что-то, что мы с вами создадим в конце трёхмерный объект в виде, например, эстель файла, он легко может быть напечатан на
45: 3 д принтере то есть здесь проблем с печатью на 3 д принтере не должно возникнуть.
46: Ну и ещё некоторые возможности.
47: Которые просто расширяют наши возможности в плане даже обучения.
48: Далее вот здесь приложены некоторые варианты вот этих дополнительных расширений.
49: Ну и дальше просто нужно уже что-то попробовать сделать, как минимум запустить наш 3 д слейсе мы запустим с вами сегодня как на локальной машине. Я запущу на своём
50: Ноутбуке, так, и мы с вами запустим его здесь онлайн. Ну давайте перейдём, например, онлайн. То есть наша задача нажать вот где сказано
51: Сейчас я вам открою это окошко, что здесь появилось нового?
52: Появилось вот таких 5 строчек, их тоже можно перевести. И нам говорят о том, что здесь, если нужно, нам конкретно что-то то нужно запустить.
53: Ту или иную ячейку. Ну а наша задача здесь написать, нажать на стрелочку ран или ну вот по-русски это перевелось. Как беги, мы нажимаем
54: Так вот, ждём немножко.
55: Так, тогда попробуем показать оригинал, может быть из за этого что-то не сработало.
56: Должно было запуститься вот здесь появиться небольшое окошко, куда мы могли бы ещё дополнительно нажать и провалиться.
57: Так, ну вот у меня на персональном компьютере это запустилось, а вот на ноутбуке че то не, почему-то не запустилось, вот, не знаю.
58: Сейчас ещё буквально подождём, я перезагружу здесь.
59: Ядро перезагружу так называемое и запущу заново программу run снова нажму. Ну вот почему-то, увы нет. На моём ноутбуке это не
60: Заработала. Ну или вот, вот ждём.
61: То есть здесь вот какие-то песочные часы, ну будем вот ждать.
62: Окей.
63: А, ну вот, вот появилось все-таки.
64: Нам не так важно, какие потом окошки появятся, мы можем нажать на 1 вот этот вывод там, где написано будет клик.
65: Так, я, видимо, все ячейки выполнил, поэтому у меня это поле то ушло. Ну-ка давайте-ка ещё раз только.
66: Вот появилась вот эта полосочка и сразу на неё кликнем.
67: Посмотрим, что здесь появится. Дополнительное тоже. Сейчас я вкладку вам поменяю открытую, то что она открывается новым окном.
68: И мне вот тут приходится переключаться.
69: Так вот, у нас с вами появится дополн как новая вкладка в браузере. И вот здесь вы можете
70: Загружать данные, которые необходимы для анализа. То есть вот здесь вы будете видеть интерфейс абсолютно такой же, что и вы увидите на локальной маши.
71: Не.
72: То здесь абсолютно все тоже самое, что и мы бы увидели на локальной машине. Ну и здесь просто мы
73: Загружали бы из
74: С моего компьютера что-то.
75: Дополнительно. Ну это уж не так важно. Давайте посмотрим, как это будет выглядеть на локальной машине.
76: Представьте, что вы скачали вашу программу и появится в пуске.
77: Вы найдёте её под буковкой с.
78: Среди программ и увидите надпись слайсер 5 точка 8 точка 1 в виде папки. Нажмёте на неё и там будет 1 строчка. Слайсер тоже самое. 5 точка 8 точка 1.
79: Ну вот у меня вот эта версия стоит и сейчас она последняя стабильная на данный момент. Сейчас вот у меня запустится программа, то есть здесь только
80: Сделайте следующее. Когда вы будете устанавливать свою программу в конце, в самом конце, не забудьте поставить 2 галочки, там автоматически стоит 1 галочка. Вот.
81: Вот она говорит о том, что вы запустите вашу программу, a2 галочка говорит о том, чтобы создать ярлык на рабочий стол. Поэтому здесь, если вы хотите, чтобы у вас ярлык был на рабочем столе, то
82: Пожалуйста, 2 галочку то поставьте.
83: Программа вот я не показываю ещё экран только из за того, что программа долго на самом деле достаточно долго загружает свои модули. Ну это вот просто особенность.
84: А так весит она не очень много, то есть не очень много она будет занимать у вас места. Так, теперь тогда мы демонстрировать будем экран.
85: И вот что мы бы увидели сразу после запуска нашей программы.
86: То есть появились вот эти 3 чёрных окошка, и 1 из них, вернее, и ещё 1 правильнее сказать, оно синее, это по умолчанию правое верхнее.
87: Окошко, в котором вы будете видеть результат обработки ваших изображений в виде, ну вот трёхмерного объекта.
88: Теперь что было вам сказано в инструкции, в инструкции было сказано, что вы должны перейти по ссылке. Давайте я ссылку эту покажу.
89: Так я пока соста.
90: На новую ссылку.
91: Что вам вот была дана вот такая ссылка.
92: Где вы можете скачать томографические снимки 1 шейного позвонка c1 у нас с вами.
93: Сказано, какая матрица у вас.
94: Матрица, это сколько пикселей у вас получается?
95: В каждом из направлений. Ну и вот здесь показан размер. Наша задача нажать клик, если по каким-то причинам
96: Не начинается скачивание. Такое может быть нажмите правой кнопкой на click here и сделайте открыть в новой вкладке тогда принудитель.
97: Как будто бы открывается новая вкладка, но вкладка не откроется, а сразу начнётся загрузка.
98: Так нужно делать, если вот по каким-то причинам, нажимая на click here вот эту вот эти слова, левой кнопкой у вас не начинается загрузка, ну, как минимум в течение там минуты полминуты.
99: Не начинается загрузка. Потом у вас появляется файл в виде архива.
100: Который нужно просто взять и разархивировать.
101: То есть мы берём его и разархивируем в любую папку, в каком вам хочется.
102: То есть я этот файл вот сейчас скачал.
103: Его получается, извлекаю, например, с таким же названием, как c1, а у вас он скачается c1 точка зип. Вы извлекаете его, например, в такую же папку с таким же названием. То есть вы кликаете на этот
104: На этот файл, который скачался правой кнопкой, и выберите извлечь в
105: В папку и там будет название извлечь в c1 извлекайте, появится эта папка. Ну, например, если вы сделали так же, как и я, то она у вас просто появится в загрузках.
106: И дальше мы с вами вернёмся к нашей программе.
107: Чтобы могли показать, где и как вы тогда загружаете ваши изображения. То есть мы вернулись к нашей программе и здесь 2
108: Вариант из загрузки дикомовские файлов.
109: Более надёжным, более правильным вариантом является вариант эдта.
110: Он более надёжен в плане того, что здесь загрузка происходит изображений более корректно и изображения точно не перепутаются местами, и вы точно получите.
111: Ну, хорошие изображения, то, как они по отношению друг к другу расположены. А вот эд диком дата там, увы, не всегда так получается корректно.
112: Поэтому вот мы нажали на ad, дата у нас появилось такое маленькое окошко. Я сейчас проверю, что оно вам видно, а видно ли, не видно, да, то есть оно у вас.
113: Не появляется это окошко. Ну тогда мне надо транслировать экран, транслировать экран. Тогда надо будет. Я буду просто транслировать экран своего.
114: Ноутбука.
115: Сейчас вот запустится у вас.
116: Так, ну вроде все теперь просто я вас видеть не буду, но, надеюсь, вам маленькое окошко посередине, в котором вы говорите о том, что вы выбираете.
117: Директорию, которую хотите добавить директория здесь это папка, в которой содержатся ваши изображения, мы называем choos директории add, нажимаем, потом выбираем.
118: Ту папку, которую вы, в которую вы разархивировали. Ну вот я ещё раз скачал папку c1, она у меня уже была, поэтому у меня вот c1 в скобочках 1 появил.
119: Вот эта папка в загрузках появилась, мы 1 раз кликнули на неё, она выделилась синей полосочкой такой, а потом говорим выбор папки.
120: Теперь нажимаем после этого окей.
121: Происходит загрузка всех изображений внутри этой папки.
122: То есть все, все, все изображения, которые внутри этой папки. И даже если ещё есть изображения какие-то и во внутренних папках этого каталога c1, то они тоже все загрузятся.
123: Теперь мы с вами видим несколько срезов. То есть вот мы с вами видим горизонтальный срез.
124: Ну, тут.
125: Мы не совсем увидели здесь, наверное, мы видим сагитальный срез справа, а здесь, наверное, фронтальный в том или Ином варианте, как минимум напоминает.
126: Ну, это у нас с вами 3 окошка, это 3 взаимно перпендикулярные плоскости.
127: Теперь мы с вами что-то хотим из этих изображений достать.
128: Тогда мы с вами в программе, где написано welcome to слайсер, нажимаем на стрелочку чуть правее и выбираем.
129: Сегмент Эдита, то есть мы с вами сейчас что-то из изображений пытаемся достать
130: Ну, поехали.
131: Что мы тогда здесь делаем, когда выбрали сегмент Эдита, нажимаем на кнопочку эд. Тем самым мы придаём название сегменту. То есть вы
132: Пытаемся создать сегмент автоматически название ему присваивается сегмент 1.
133: И этот сегмент 1 на экране вот на этом трёхмерном
134: Справа будет отображаться вот этим зелёным цветом. Теперь что нужно сделать, чтобы что-то появилось вот в этом вот в этом трёхмерном кубике или хотя бы рядышком с ним?
135: Потому что иногда объекты выскакивают за него. Это связано с тем-то, что
136: Ну вот такие координаты у этих точек сечения, что они как бы выбегают за этот квадрат.
137: Мы нажимаем с вами вот на вот эту маленькую иконку. Тут у нас, видите, несколько рядов есть.
138: Этих кнопочек. Вот мы 1 ряд берём, но 2 кнопочку наводя на неё мышкой, но не кликая ещё мы увидим слово фрешо. То есть мы здесь
139: Как раз что-то будем делать теперь, что мы можем здесь сделать? Мы здесь как раз сталкиваемся с таким значением, как прешол. То есть мы с вами ориентируясь
140: На значения чисел хаунсфилда. Они у нас с вами входят. Вот в эти изображения с расширением дцм. Хранятся эти значения числа хаунсфилда.
141: Мы с вами, сдвигая вот эти ползунки, можем менять те области, которые мы с вами выделяем, те, которые будут закрашены.
142: Зелёным. Вот здесь. Ну, например, мы выбрали вот такой диапазон, нажимаем эплай.
143: А чтобы показать вот этот трёхмерный объект, нужно нажать шоу 3 д.
144: Нажимаем. Ну и некоторое время придётся подождать. То есть компьютер сейчас пытается вот построить этот объект. Теперь если его здесь
145: Квадратики не видно. 1, что нужно делать, попробуйте этот квадратик влево, вправо зажатой левой мышкой потаскать. Но если это не помогло, значит, ваше изображение где-то вне.
146: Этого квадратика, то есть оно где-то выше.
147: Ну вот у меня вот появился вот этот 1 шейный позвонок теперь, что за вот эти полосочки такие? 1 из них вот самая правая, верхняя она.
148: Слишком толстая это у нас с вами, может быть, как раз какая-то конструкция, которая удерживала шею.
149: То есть это некоторые элементы уже конструкции, удерживающей, например, шею или конструкции в виде пластика, необходимой для фиксации шеи и
150: И для нас они являются в некотором Роде артефактами. Мы то ведь с вами пытаемся только 1 вот этот шейный позвонок выдернуть, чтобы потом, например, его напечатать на 3 д принтере. Зачем нам вот эти
151: По сути дела, ненужные элементы. Тогда мы с вами можем эти ненужные элементы обрезать, удалить. Есть 2 варианта, как мы можем это сделать. 1 вариант.
152: Это удалить сразу на трёхмерном объекте. То есть мы выбираем ножницы, нажимаем
153: Нажимаем на ножницы, переходим вот в этот трёхмерный вариант и рисуем, зажав левую кнопку мыши, замкнутую фигуру.
154: То есть у меня вот должна быть в конце вот такая петелька, я её чуть длиннее нарисую, чтобы вам было видно, что у нас пересеклось начало и конец. В некотором Роде лассо получилось.
155: И все, что внутри этого лассо, будет удалённо.
156: И обратите внимание на ваших изображениях, на вот этих 3
157: Экранах чёрных. Ваша вот эта область перестанет иметь зелёную заливку.
158: Также мы с вами можем и вот этот элемент удалить.
159: Так как это не позвонок, тоже делаем лассо петельку.
160: Тоже обратите внимание, здесь она у нас с вами перестала быть зелёной. Теперь здесь, так как вот эта область уже ближе к позвонку, то мы можем колёсиком приближать.
161: Области.
162: И выделять.
163: Аккуратно здесь рядышком проходим с шейным позвонком и удаляется вот этот последний объект. Да, здесь могут быть ещё какие-то маленькие точки в виде артефакт.
164: Ну, их тоже можно аккуратненько подчистить либо ножницами, либо уже, например, воспользоваться ластиком рейс.
165: Вот так вот мы могли получить вот такой трёхмерный объект.
166: 1 шейный позвонок. Теперь обратите внимание, вот на этом рисунке видно, что внутри он у нас с вами является полым. Что тогда делать, если мы хотим с вами, например, его запо?
167: Полнить полностью, то мы можем, например, воспользоваться таким инструментом, как level, трейсер, трейсинг.
168: Для этого тогда мы с вами можем нажать на него идти по объекту и видеть, что наша программа автоматически будет пытаться найти такие замкнутые контуры отверстий.
169: То есть мы с вами можем дождаться, пока программа заполнит ту или иную область в виде жёлтенькой вот такой рамочки и у нас с вами.
170: И эту область закрасить зелёным.
171: Закрасить зелёным, значит, соответственно, в модели. Потом эта область будет у нас с вами сплошной. Вот, например, вот я взял и сейчас заполнил вот эти ма.
172: Отверстия здесь тоже можно поймать наверняка какой-то контур, в котором тоже можно дополнительно на каждом изображении. Вот, увы, это приходится делать, закрывать вот эти
173: Отверстие.
174: Можно сделать, например, наш, нашу модель полу внутри, задавая какую-то толщину.
175: Это вот некоторыми инструментами здесь можно воспользоваться.
176: Можно взять и воспользоваться, например, закрасить нужную область. То есть вы, например, нажимаете на 2 ряд 1 кнопочку, вот это у нас пейнт и вот здесь выбираете, чем
177: Рисовать рисуется у нас здесь с вами окружностью. Вы выбираете для неё процент, но если вы хотите, чтобы у вас выделилась область сразу на нескольких срезах, то вы
178: Можете выбрать.
179: Сфер браш. Это обозначает, что вы будете сейчас отмечать что-то на рисунке в виде сферы. То есть часть будет закрашиваться сразу автоматически, не только
180: На этом снимке, но и на следующем. Ну и, например, давайте нарисуем что-то
181: Сразу все, что мы нарисовали, появится и на трехмерной картинке.
182: Если нужно потом у нас с вами это удалить, не забывайте, можно удалить.
183: Как на отдельной картинке, так и можно на трехмерной картинке удалить.
184: Вот такая программа, которая позволяет нам получать трёхмерный объект, а наша же задача научиться теперь вот этот объект трёхмерный.
185: Экспортировать в формате эстель, чтоб можно было бы, например, его потом распечатать. Для этого мы с вами переходим, например, в раздел
186: Segmentation.
187: Здесь мы с вами увидим наш сегмент.
188: Можем дойти, промотав ниже до фразы экспорт ту файл.
189: Раскрыв эту стрелочку, мы с вами видим, куда нам предлагают сохранить наше изображение. Мы можем поменять эту папку.
190: Далее нам говорят, в каком формате необязательно это может быть эстль, это может быть и, например, обдж и ещё 2 варианта расширений, с которыми я вот
191: Не работал. Может быть вы когда-то будете с ними работать? Я вот с первыми 2 работал с стль и обдж. Далее мы с вами говорим, какой масштаб.
192: То есть мы с вами на этом этапе можем уменьшить или увеличить наш объект и мы нажимаем экспорт.
193: Так, и вот по дате изменения я сделал вот в какой Папке, вот в этой Папке
194: У меня появился файл сегментейшн. Нижнее подчёркивание, сегмент, нижнее подчёркивание 1 с расширением эстель.
195: Занимает он чуть больше, чем 6 мегабайт.
196: Вот так вот вы должны дома сделать небольшое такое задание сделать принтскрины вот этих экранов, подчёркивая то, что вы это сделали сами.
197: То есть что-то подобное нужно будет проделать дома.
198: Вопросы?
199: Давайте я вернусь.
200: К нашему чату вопросы.
201: Вопросы, пожалуйста, ребят, если есть, слышали вы о такой программе когда-либо?
202: Хотелось ли вам бы уже поработать с томографическими снимками?
203: То есть теперь у вас есть бесплатный инструмент, который может съесть данные кт мрт клкт?
204: Мрт там в определённых режимах, в сосудистом режиме, например, то есть все, что связано с дикомовские файлами, то есть с файлами, в конце которых
205: Имеется расширение, то есть название, потом стоит точка и потом стоит дцм.
206: Dsm. Другими словами, то вот это и обозначает, что вы можете это изображение, даже если это 1 файл открыть вот в этой программе потом
207: Вы можете выделить нужную область и её, например, экспортировать в формате эстль и напечатать. Правда, это если будет только 1 снимок, то это будет
208: Объект в виде плоскости, то есть вы даже его распечатать его не сможете. То есть это как минимум, ну, 2, 3 д среза должно быть.
209: Также вот ваша задача ещё посмотреть, что, а где я открою потом этот эстель файл. Ну давайте мы с вами вместе.
210: В поисковике наберём фри эстелл вьювер.
211: И 1 же ссылка, давайте я сейчас вам покажу это вот окошко, тогда снова открою свой экран, лучше сразу демонстрировать буду весь экран.
212: То есть вот мы нажали с вами в поисковике, например, выбрали фри эстель вьювер. То есть мы хотим посмотреть потом этот эстель, как он
213: Выглядит повращать, может быть дополнительно приблизить и так далее. 1 же ссылка нам откроет вот такой сайт, куда мы с вами сможем перетащить наш файл. Ну то есть вот в этой
214: Папке, у меня появился файл сегментейшн. Мы его вот сюда копируем, да, некоторое время подождём. Ну вот он потом появится, и мы с вами сможем его тут
215: Повращать по приближать, посмотреть, какие ещё, может быть, у нас остались артефакты.
216: То есть где может быть вот есть какие-то неровности, которые остались в процессе обработки и где, может быть нужно нам бы ещё там посгладить нашу модель.
217: Какие области, например, мы пропустили, а какие мы добавили по ошибке, может быть. То есть, которые действительно, например, не принадлежат уже костной ткани.
218: Теперь не обязательно. Это должен быть 3 д. Вернее, не обязательно должен быть эстель вьювер. Давайте попробуем это открыть стандартными инструментами.
219: Нашими так стандартные инструменты, но это будет, получается.
220: Так.
221: Это paint a paint у нас 2 их есть сейчас давайте найдём 2 вот paint 3 д. То есть сейчас у нас с вами уже windows 10 есть?
222: Pain 3 д. Он у нас зачастую по умолчанию установлен, и мы с вами можем здесь открыть.
223: File давайте посмотрим и откроем его так немножко.
224: Обзор файлов тогда сделаем.
225: Так.
226: Че то не открылся. Хорошо, меню вот здесь у меня это, этот компьютер, локальный диск ц. Слайсер и segmentation.
227: Вот мы выберем, и он должен его открыть.
228: Ну вот давайте посмотрим, сможет ли он все-таки у нас открыть его.
229: По идее должен открыть.
230: Да, потребовалось, правда, больше времени, чем для онлайн. Ну что теперь поделать теперь, как повращать его здесь? Ну вот я тут уже че то понарисовал, потому что автоматически у нас включается карандаш.
231: Тогда нажимаем отменить, а чтобы его повращать, надо вот на этот значок потягать. И вот его перемещая, мы будем видеть, что наш объект тоже вот поворачивается. Ну вот.
232: Слегка дрожит.
233: То есть не совсем удобная вещь здесь в этом плане немножко даже хуже, чем онлайн. Просто там-то гораздо мягче, более медленными. Вот.
234: Такими движениями, не такими рывками, как минимум он пытается повернуть наше изображение в процессе вот перемещения вот этого значка для просмотра.
235: То есть и paint у нас тоже способен взять.
236: И открыть pain, 3 д. Только способен, получается, открыть наш вот этот эстель файл, получившийся
237: Вопросы, ребят?
238: Так, скрины, да, куда вы, получается, высылаете? Ну, я вас там попросил попробовать сделать небольшой отчёт в виде вордовского файла, то есть вы берете
239: Оформляйте титульную страницу, что на ней указать. Вам там указано самое главное фио и группа. Печать здесь необязательно, то есть достаточно в электрон.
240: Варианте, и вы можете его передать на флешке на на следующих занятиях вашему преподавателю, лишь бы он отметил, что вы это сделали или
241: И вы можете, как я вот со своими группами сделаю, я вас попрошу открыть эти отчёты на компьютерах, на наших занятиях и посмотрю, у кого эти отчёты есть.
242: И татем, соответственно, это задание зачту.
243: Можно предложить и своим преподавателям сделать также это буквально отнимет минут 10 пройтись по аудитории, посмотреть, у кого что получилось.
244: Как вы считаете, вот то, что вы сегодня узнали, полезно ли вам
245: То есть было ли вам вот интересно узнать вот про такую программу, которая позволяет не только открывать дикомовские файлы, то есть вы теперь и можете старшим вашим коллегам помогать.
246: И даже им сказать, что вот есть такие программы бесплатные, которые не требуют, например, лицензии не требуют.
247: Че ещё тут получается? У нас то не требуют они, ну, не требуют дополнительного какого-то сопровождения здесь только вот что сами создатели этой программы говорят о том, что
248: То они эту программу рассматривают, по сути дела, увы, как игрушку, то есть на ней строгие такие клинические исследования делать, увы.
249: Не рекомендуется, то есть она в некотором Роде игрушка.
250: Можно ещё более подробно про это прочитать в разделе документация, но для нас, как для пользователей, ну просто хотя бы иметь представление, работать вот с этими файлами, получать трёхмерный объект.
251: А потом их печатать, то вот это тот инструмент, который есть. Кстати, я надеюсь, то, что когда вы уж будете, наверное, близки к окончанию университета, все.
252: Эти войдёт в широкое использование. Вот эти программы, которые, может быть, и имплантанты будут печататься индивидуально.
253: Ну, может быть эта программа к этому моменту и получит какую-то сертификацию, потому что, как обычно проходят некоторые программы сертификацию. Если 1 программа сертифицирована, то
254: Если наша программа выдаёт такие же результаты при таких же условиях, и это мы проверяем на некоторых примерах, на различных, то так мы можем опосредованно тоже сертифицировать нашу
255: Программу. И обычно то ещё раз говорю, сертифицируют, тогда проводят какие-то большие клинические исследования, тут обрабатывают программу, на которую уже есть такой документ.
256: Как медизделие и та программа, которую мы хотим. Если мы не видим отличия, то тогда и наша программа может получить мед лицензию.
257: Других программ бесплатных, именно бесплатных, которые вам бы позволили трёхмерный объект достать из дикомовские файлов, притом с хорошим качеством, я не знаю.
258: Может быть вы потом когда-нибудь найдёте в ходе, может быть, какого-то обзора. Если вам захочется это сделать, это узнать, может быть вы найдёте, да, есть некоторые рису.
259: Курсы интернетовские, где вы ничего не устанавливаете, также предлагается вам загрузить дикомовские файлы, но
260: Не всегда трёхмерный объект получается Удачным, а иногда сервис даёт ограничения. Например, вот я сталкивался с тем, что сервис не позволяет сохранить
261: File свыше 30 мегабайт. А все-таки, если мы говорим про такие большие протяжённые конструкции, например, как бедренная кость, то у нас там
262: File в хорошем качестве. Здесь он может и быть больше, чем 30 мегабайт.
263: Теперь, что мы с вами ещё делаем? Я сейчас, ну, постараюсь сейчас сделать после нашей лекции обновлю сообщение 1 из старых сообщений в
264: В нашей группе вконтакте медицинская информатика. Тогда, надеюсь, это сообщение станет 1 на стене. Там вы увидите видео лекцию на
265: Иностранном языке, но яндекс браузер сейчас способен перевести это видео, поэтому вы даже можете нажать на автоматический перевод этого видео и пожа,
266: Пожалуйста, прослушайте, что вот некоторые учёные говорят, во первых, про эту программу, про использование этой программы.
267: Что ещё здесь хотелось бы с вами посмотреть. Давайте вернёмся к программе и посмотрим, что основное чуть. Я не забыл вам сказать. Я сейчас верну.
268: Вот к программе 1 из важных элементов этой программы является то, что под эту программу разрабатываются дополнительные модули, которые расширяют воз.
269: Возможности её упрощают некоторые действия, например, где их искать и их можно устанавливать дополнительно. Мы нажимаем с вами на view.
270: Выбираем экстеншнс менеджер, нажимаем.
271: Появляется вот у нас окошко, вот тут происходит, вот загрузка чуть чуть надо тут вот подождать.
272: Что у нас с вами появится, что сейчас у нас с вами есть 206 дополнительных модулей, которые расширяют возможности. Ну мы так че, как лечебный
273: Дело можем поискать какой-то модуль, какой вам хочется.
274: Какое ключевое слово вы бы хотели бы здесь ввести? Я вернусь к
275: К нашей картинке, а вы можете подумать, какая область, часть тела человека интересна вам, что вот мы бы стали бы искать, какой модуль может быть, для какого того части тела.
276: Есть какой-то модуль, который может что-то нам позволить ещё посмотреть. Напечатайте пожалуйста напишите, что бы вы хотели бы посмотреть.
277: Ну, может быть, мозг. Вам хочется посмотреть, какие есть модули для анализа мозга?
278: Лёгкие. Ну лёгкие это, да, сосуды, да. Ну, давайте посмотрим.
279: Лёгкие. Че то я забыл, как по-английски. А вот сосуды, например, артерии. Вот сейчас здесь ищем по-английски артерии, сосуды, арте.
280: Ну вот, можно, например, посмотреть, что он нам предложит для артерий. Кстати, не нашёл ничего, увы, может быть, для вен.
281: Вена.
282: Ну тоже че то вот ничё не нашёл.
283: Хотя, вот видите, постоянно вот он немножко дёргается. Ну вот, может быть не нашёл. Может быть тогда просто пойдём вот здесь закроем и посмотрим на то, что
284: Он даёт нам, например.
285: То есть это различные варианты сегментации.
286: Кстати, вот васка, да, ведь получается. А вот смотрите, есть васка модели.
287: То есть получается, вот этот инструмент нам позволяет моделировать дерево.
288: Сегментации, то есть мы вот что-то можем здесь с сосудами более лучшим образом их пытаться достать из снимков, чтобы наша модель была более мягкая в процессе того, как
289: Мы будем их доставать. Ну и вот здесь мы можем нажать install
290: Ну вот давайте нажмём эти модули обычно не такие большие. То есть это может быть там пару мегабайт от иногда и даже меньше, да, приходится потом.
291: Перезапустить нашу программу, чтобы у нас появился этот модуль. Ну давайте посмотрим, может быть что-то ещё есть.
292: Ортодонте ес, например, нейровизуализация. Обратите внимание.
293: То есть вот некоторые варианты, связанные, видимо, с сегментацией головного мозга, выделение различных областей.
294: Что ещё? Давайте посмотрим. Ну, морфология есть тут, правда, я вот не знаю, тут надо смотреть, что в этом, внутри этого файла.
295: Так вот, например, мы что-то видим, что связано, видимо, с сердцем, что позволяет
296: Лучше что-то визуализировать или доставать здесь надо, говорю, на каждый модуль кликать и смотреть более подробно.
297: Ну, например, вот мы кликнули на миокард, по сути дела, и вот можем прослеживать.
298: Нашей области можно, кстати, потом переходить именно на страницу, на которой будет расположена вся подробная информация про вот этот модуль. Ну вот.
299: Давайте вот мы перешли.
300: И, ну, сделаем автоматический перевод, посмотрим, что это как минимум, что вот, вот этот модуль позволяет, видимо, оценить
301: Массу микарда.
302: То есть здесь мы с вами видим, какая часть, какой сосуд охватывает ту или иную часть миокарда.
303: И это, видимо, может позволить определить, какие зоны миокарда являются в зоне опасности, например, при сужении той или иной.
304: Коронарные артерии. Ну вот неплохой, видимо, модуль. Можно более тут подробно потом смотреть, как он был сделан, в чем реализуется зачастую здесь
305: Показывают даже видео, как им пользоваться, и позволяют, скажем,
306: Правильно производить анализ.
307: И так вот по каждому модулю.
308: Зачастую вот эти модули созданы на языке python.
309: Зачастую.
310: Ну вот мы даже можем посмотреть вот этот модуль, то, что был создан на языке python, и ещё в процессе его создания был использован такой модуль, как симейк.
311: Он позволяет собрать этот модуль ведино из некоторых файлов пайтон. То есть здесь этот модуль может содержать несколько файлов пайтон, а cmake это
312: Такой, ну, условно можно сказать, сервис, который все эти питоновские файлы объединяет, ну, в некотором Роде, в 1 модуль.
313: Ну и так я вам рекомендую посмотреть про все вот эти модули, которые вот здесь есть. Так давайте-ка.
314: Вернёмся тогда назад в нашу программу. И вот, говорю, можете просто пролистать на каждый из них, кликнуть дополнительно и посмотреть, что
315: Он позволяет сделать
316: Ну вот со стоматологами получилось лучше, когда вот я им рассказывал, потому что, например, мы тут ввели слово зубы, и нам сразу выдало 3 модуля. Ну давайте, может быть.
317: Смотрим ультрасаунд, то есть ультразвук.
318: Тут давайте вот посмотрим, что он нам даёт.
319: То есть здесь мы с вами, видите, можем даже взять данные ультразвуковой диагностики.
320: Сейчас хотя бы машинный перевод посмотрим.
321: То есть вот, вот.
322: Что позволяет этот модуль сделать?
323: Ну давайте посмотрим ещё, может быть что-то нам тут. То есть он нам позволяет обезличить наши данные.
324: Также, видите, мы можем посмотреть глубину сканирования, что-то можем померять.
325: Ну вот, говорю, здесь дольше, уже дальше, вернее, дальше надо просто что-то читать. И здесь зачастую все находится в разделе документы. То есть здесь обычно нам
326: В разделе документы. Иногда вот все-таки зачастую нам здесь даётся некоторый файл, а если не здесь, то можно походить по папкам и посмотреть, что все-таки зачастую даётся файл.
327: Там в виде текст, либо в виде док, то есть вордовский, где можно прочитать хотя бы небольшую инструкцию.
328: Так, мозг, да? Ну давайте для мозга то посмотрим. Тоже ведь интересно, мозг то, че там для мозга то у нас есть тут, тут то стопудово что-то должно быть. Давайте-ка мы
329: Brain ведём, мозг наш. Так нет, нет, нет, пока не будем рестарт делать. Почему вот ушёл то так, брейн?
330: Поиск
331: Так он нашёл 8 категорий, относящиеся к брейн. Ну давайте посмотрим.
332: Вот, например.
333: Видимо, здесь мы можем оценить поверхность мозга. Ну-ка давайте сегментейшн посмотрим здесь больше всего. Вот, например, вот интересно же посмотреть, что программа видим.
334: Может, автоматически нам выдёргивать область мозга из снимка?
335: Давайте-ка посмотрим подробнее документация про этот модуль.
336: Тут немножко че то у меня не загрузилось.
337: Так, ещё раз обновлю.
338: Ну че то вот немножко у меня подтормаживает компьютер.
339: Ну, можно даже, кстати, обратите внимание посмотреть на некоторые источники, в которых наверняка про это более подробно будет написано.
340: Можно в ю ресурс код посмотреть, то есть на гитхабе, что у нас будет, может быть здесь что-то ещё будет дополнительное.
341: Ну и вот здесь хотя бы даже, видите, описание, то есть интересное. И сайт, на который тоже мы можем перейти. То есть мы вот видите, удаляем костные ткани для получения структурных мрт.
342: Ображение головного мозга протестировано на 2 вариантах, то есть на режимах т. 1 и т. 2.
343: Ну и вот смотрим, что программа то написана на языке си плюс плюс, а cmake это всего лишь навсего программа, ещё раз говорю, позволяет обернуть этот модуль.
344: В оболочку некоторую.
345: Ну вот так вот можно поизучать, посмотреть все модули.
346: Вопросы?
347: Пока может быть кто-то пишет, что и у него может быть вопросы какие-то есть с вас это
348: Посмотреть видео, которое появится, вот должно появиться 1, стать 1.
349: На иностранном языке посмотреть, вот что там ребята рассказывают, в частности, там 2 у нас с вами докладчик будет рассказывать про радиологию.
350: То есть он покажет про дополнительный модуль радиологический, позволяющий, например, определить дозу, которую получит та или иная область.
351: Например, головного мозга в ходе выполнения, например, операции, используемой гамма нож.
352: То есть вот можно и вот про это немножко посмотреть.
353: Тогда на сегодня все с вас установка программы. Если желаете, если нет, то можете попытаться воспользоваться онлайн вариантом на сайте слай.
354: Я вам показал, где это находится чуть ниже, чем-то, что у вас появится. То есть нужно будет немножко вниз пролистать отчёт. Указано вам, что на 1 страни
355: Титульный хотя бы укажите, кто делал, а напоминаю, вы можете сделать и вдвоём никто вам не запрещает.
356: То, что делаем, сохраняем принскрины, что у вас получилось, и обязательно читаем вот эту небольшую инструкцию, которую я вам выслал.
357: Тогда на сегодня все, ребят.